Un cop finalitzada i lliurada a la Generalitat la redacció de la memòria arqueològica de la primera fase de les intervencions, el Centre d'Estudis de Sant Pere de Vilamajor ha iniciat la segona fase. En aquesta actuació, els arqueòlegs del Centre d'Estudis volen trobar més informació dels fonaments de la Torre Roja i resseguir el mur de l'antiga església, amb l'esperança de trobar-ne l'absis.
L'actuació compta amb el visit-i-plau de la parròquia, de l'Ajuntament i de la Generalitat i es preveu que duri diverses setmanes. Es realitzarà a l'interior de la Torre Roja i també al pati dels xipresos de l'església conegut com a "cementiri vell".
En la primera fase es va obtenir informació dels fonaments de l'actual església i es va localitzar les restes d'un mur de grans dimensions i una necròpolis que es relaciona amb l'antiga esglesiola preromànica de Sant Pere, datada entre el segles VI i IX.